Teren, na którym wzniesiono kościół był zasiedlony od niepamiętnych czasów. Na przestrzeni wieków odkrywano przy okazji rozmaitych prac ziemnych liczne urny i składane wraz z nimi przy pochówku przedmioty. Szczególnie bogate znaleziska miały miejsce w XIX wieku. Odkryte w tym czasie artefakty były tak liczne, że zdecydowano o utworzeniu miejskiego muzeum, w którym mogły by być eksponowane. Kolejne odkrycia przyniosły po wojnie w latach 60-tych prace porządkowe prowadzone na terenie przykościelnym , a w szczególności na obszarze klasztoru. Brak nadzoru archeologicznego spowodował ogromne zniszczenia, jednak część przedmiotów udało się ocalić i można je dziś oglądać w Muzeum Ziemi Szprotawskiej. Pośród znalezionych urn przeważają wyroby kultury łużyckiej, jednak są wśród nich i znacznie starsze.

Początki powstania samego kościoła nie są znane. Tutejsze przedwojenne archiwa parafialne, w rejestrze kościelnym z roku 1825 podają, że już w IX wieku został wybudowany tutaj kościół, i to przez Greków z państwa Wielkich Moraw. Informacja ta choć pozbawiona wszelkich historycznych dowodów, może kryć w sobie ziarno prawdy, skoro wiadomym jest ,że chrześcijaństwo dotarło na Śląsk z Czech za sprawą braci Cyryla i Metodego .

Pewną i udokumentowaną wzmiankę o istnieniu kościoła w Szprotawie posiadamy dopiero z roku 1260. Pierwszego grudnia tegoż roku, brat Vitus dawny biskup Litwy, z upoważnienia papieża Aleksandra IV (1254- 1261) nadał 40 dniowy odpust wszystkim, którzy odwiedzą konsekrowany właśnie w tym dniu ołtarz . Rzeczony dokument znajdujący się dawniej w Królewskim Archiwum Państwowym we Wrocławiu, był pasem pergaminu o szerokości ok. 5 cm, pisanym drobnym łacińskim pismem, o archaicznym kroju liter, a do tego zawierającym wiele skrótów, co czyniło go trudnym do odczytania. Dokument zaopatrzony był w woskową pieczęć, z ukazaną na niej postacią biskupa

W tym czasie diecezją wrocławską rządził biskup Tomasz II, który pod datą 21 października 1283 zatwierdził wszystkie dochody szprotawskiego kościoła i zdecydował, że kościół w Dzikowicach będzie kościołem filialnym. Dnia 10 czerwca 1290 roku biskup Tomasz II powtórzył swą decyzję .

Wiadomym jest, że w tym okresie kościół był małą jednonawową budowlą z kamienia polnego i rudy darniowej, najprawdopodobniej przekrytą drewnianym dachem. Pewne jest także , że nie posiadał wieży, a na pewno nie w miejscu gdzie znajduje się ona obecnie. Potwierdzeniem tego jest wczesnogotyckie okno odkryte wewnątrz muru wieży, w miejscu gdzie znajduje się klatka schodowa pierwotnego wejścia do niej. Poza owym oknem zachowały się znaczne partie pierwotnej bryły kościółka, które możemy oglądać zwłaszcza po stronie zachodniej i północnej. Wtedy też powstał okalający kościół cmentarz otoczony wysokim murem z bramkami.

W wieku XIV na scenę wkroczył zakon Magdalenek, który odegrał w dziejach kościoła, jak i samego miasta, ogromną rolę. Zakon ten zwany zakonem Marii Magdaleny od Pokuty (Maria Magdalena dei poenitentia), powstał prawdopodobnie na początku XIII we Francji, co wynika z wystawionych już w latach 1227 i 1228 dokumentów. Zakon został odnowiony przez Beltrama Gallusa w roku 1278, a jego reguła określała : ,,panny upadłe przyjmować i do polepszenia przywodzić”. Ich reguła zakonna była regułą św. Augustyna. Szprotawskie Magdalenki miały już przed 1296 maleńki klasztor w Bytomiu Odrzańskim. Za wstawiennictwem wdowy po Henryku III Głogowskim Mechtildy i jej syna Henryka IV, biskup wrocławski Henryk I wyraził zgodę na przesiedlenie zakonu do Szprotawy. Stało się to 21 października 1314. jednocześnie zostało postanowione, że zakonnice, które dotychczas należały do klasztoru w Bytomiu Odrzańskim, w przyszłości w sprawach duchowych jak i świeckich mają być kierowane przez szprotawskiego proboszcza, plebana lub rektora i utrzymywane z dochodów szprotawskiego kościoła, zaś poprzednie własności mogą zachować. Biskup Henryk I zezwolił na przeniesienie klasztoru w piśmie wydanym we Wrocławiu dnia 1 grudnia 1314.

Biskup Nanker poświadczył 27 czerwca 1334 roku przekazanie klasztorowi praw patronackich nad kościołem, jak również przejście parafialnego uposażenia pod klasztorną administrację . Klasztor z biegiem czasu bardzo się wzbogacił, dzięki czemu zyskał również rozbudowywany dzięki klasztornym inwestycjom kościół, który z biegiem czasu pozyskał szereg kościołów filialnych. Zakon szprotawskich Magdalenek przestał istnieć dopiero w roku 1810, kiedy to uległ sekularyzacji.

Z roku 1348 pochodzi dokument fundacyjny Piotra Libinga, który wart jest wzmianki z tej przyczyny, iż stanowi on pierwszy dokument uwierzytelniający rozbudowę kościoła. Petrus Libing ufundował mianowicie we wtorek po Wielkiej Nocy 1348 roku kaplicę dla Ducha Św., Pełnej Chwały Dziewicy Marii, św. Jana Ewangelisty i św. Jana Chrzciciela. Przeorysza i proboszcz zobowiązali się wystawić kaplicę do następnego dnia św. Michała ,,juxta Sacristiam Ecclesiae in Sprottauia” (w pobliżu zakrystii kościoła w Szprotawie), pod groźbą kary kościelnej w wypadku niedotrzymania terminu. Kaplica ta jest bez wątpienia częścią dzisiejszej zakrystii, a ściślej tą częścią, gdzie podczas renowacji odkryto pod tynkiem stare malarstwo ścienne. Profesor Langer z Wrocławia, który całkowicie odsłonił malowidło szacuje czas jego powstania na drugą połowę XIV wieku, co zbiegało by się z czasem powstania kaplicy wymienionej w akcie fundacyjnym. Kaplica ta wraz z ołtarzem wzmiankowana jest w roku 1437 jako ,, Altare seu Capella Petri Libing fundatoris ejusdem”. W XIV i XV wieku nie tylko klasztor doszedł, poprzez darowizny, fundacje oraz przez przyjmowanie zamożnych nowicjuszek, do stanu pewnego dobrobytu, lecz również kościół uzyskał znaczne donatywy. Jest to łatwo zrozumiałe, skoro zarówno miasto jak i cała okolica żyły szczęśliwie w jednej wierze. Rozdawanie bogatych darowizn, często przybierało formę fundacji i uposażania poszczególnych ołtarzy. Dla ołtarzy takich powoływano specjalnych księży, którzy musieli przy nich codziennie odprawiać mszę świętą i którzy utrzymywani byli z czynszy i dochodów tychże ołtarzy. Zajęcie to było często tak dalece dochodowe, że mogły tu utrzymywać się własne domy altarystów, a ci z kolei mogli ponownie pozostawiać własne zapisy testamentowe. Nagrobek takiego kleryka znajduje się na ścianie wierzy naszego miejskiego kościoła farnego, po prawej stronie przy północnym wejścia do kościoła.

Jak już wspomniano, istniało wiele fundacji ustanowionych dla pewnych ołtarzy. Przy uposażeniu z tamtego czasu zostało wspomnianych sześciu altarystów i kapelanów . Kościół rozbudowano do trójnawowego w latach 1416-1423 . Zapewne także w tym czasie powstała wieża , która służyła również jako refugium dla mieszczan. W roku 1516 wybudowano Kaplicę Ogrójcową i chór zakonnic .

Spowodowany wystąpieniami Lutra rozłam już w pierwszym okresie dotarł do Szprotawy. Początkowo nieliczna gmina protestancka z biegiem czasu zdominowała stale malejącą społeczność katolicką. Konieczne stało się stworzenie protestanckiego miejsca kultu. Przez dość długi okres czasu obie społeczności wyznaniowe musiały korzystać wspólnie z jednego kościoła, który odtąd stał się kościołem symultanicznym. Wynikły jednak z tego z biegiem czasu liczne zatargi i nieporozumienia , które słabły bądź przybierały na sile w różnych okresach. Taka sytuacja miała miejsce przez długi czas, aż do momentu wybudowania przez protestantów własnej świątyni.

Liczne w dawnych czasach pożary były plagą małych i dużych miast. Szprotawa nie była wyjątkiem. Najgroźniejszy w skutkach pożar, który niemal doszczętnie strawił miasto, a co za tym idzie także kościół miał miejsce 19 czerwca 1672 roku. W odbudowie kościoła pomógł Graf von Herberstein, który fundował także nastawę głównego ołtarza, co poświadcza umieszczona za tabernakulum dedykacja oraz herb Herbersteinów znajdujący się ponad głównym obrazem. Rozbudowano kryptę, którą odtąd stała się kryptą wyłącznie zakonną, naprawiono sklepienia , położono nowy dach, kościół pobielono i wyłożono posadzką, zamurowano stare wejście główne i przebito obok nowe .